在幽暗的房间里，只有电脑屏幕的光映照在少年侦探团成员们紧张而专注的脸上。他们刚刚结束了对某个都市传说的线上调查，圆谷光彦正熟练地操作着电脑，试图追踪一个可疑网络活动的源头。然而，一阵突如其来的眩晕感袭击了他，眼前的景象开始扭曲、旋转，仿佛整个世界都在溶解。当视线再次清晰时，他震惊地发现自己不再身处熟悉的房间，而是站在一个完全陌生的、充满未来科技感的虚拟空间里。周围是流动的数据流和悬浮的操作界面，空气中弥漫着一种非现实的嗡鸣。紧接着，他听到了步美和元太惊慌的声音——他们也被卷入了这个未知的数字世界。

这个看似偶然的事件，实际上是一个精心设计的陷阱的开端。他们闯入的，正是由黑衣组织高级成员“卡慕”主导的一个高度机密的虚拟现实实验项目，代号“方舟”。这个项目表面上是为了开发下一代沉浸式网络技术，但其真实目的远比这阴暗和危险。卡慕，一个冷酷而精于算计的男人，意图利用这个虚拟空间进行一项极其不人道的实验：测试人类意识在极端压力下的反应和崩溃阈值，从而为组织筛选和训练具备特殊心理素质的成员，甚至探索意识控制的可能。

虚拟世界被设计成一个巨大的、不断变化的迷宫。起初，它呈现出孩子们熟悉的场景——学校、公园、街道，但这些地方很快显露出诡异的违和感。色彩饱和度异常高，物理定律时而稳定时而混乱，熟悉的景物会在眨眼间扭曲变形。更可怕的是，环境中充满了心理暗示和陷阱。愉快的记忆会被篡改成恐怖的经历，同伴的形象可能突然变成狰狞的怪物，内心的恐惧被系统精准地捕捉并放大为实体化的威胁。光彦、步美和元太被迫在这个真假难辨的噩梦中求生，他们的友谊、勇气和理智都遭受着前所未有的考验。

与此同时，在现实世界中，柯南和小哀敏锐地察觉到了异常。与少年侦探团的通讯突然中断，所有定位信号都消失在网络数据的汪洋之中。柯南凭借其敏锐的直觉和推理能力，结合近期发生的几起与网络游戏相关的离奇精神衰弱案例，推断出伙伴们很可能被困于一个高级的虚拟现实系统中。而小哀，凭借她对组织行事风格的深刻了解，尤其是对“卡慕”这个代号背后所代表的危险性的认知，立刻意识到这件事极有可能与黑衣组织有关。一种不祥的预感笼罩着两人，他们必须与时间赛跑，在伙伴们的精神被彻底摧毁前，找到进入并破解这个虚拟世界的方法。

柯南和小哀的行动并非孤军奋战。在网络的另一端，代号为“冲矢昴”的FBI搜查官赤井秀一，也通过自己的情报网络捕捉到了异常的电子信号和卡慕活动的蛛丝马迹。他虽然无法直接介入虚拟空间，但开始在现实世界中追踪卡慕的物理位置和“方舟”项目的服务器集群，试图从外部瓦解这个系统。而身在京都的服部平次，在接到柯南的求助后，也利用其关西的人脉和黑客技术，协助分析虚拟世界的架构弱点。一场现实与虚拟交织的救援行动悄然展开。

虚拟世界内的斗争愈发白热化。光彦的智慧、步美的善良和元太的勇气在绝境中发挥了关键作用。光彦努力分析系统的运行规律，寻找逻辑漏洞；步美用她纯真的情感感染着环境中一些尚未被完全腐蚀的AI节点，获得了零星但宝贵的帮助；元太则用他直来直去的行动力，多次强行突破系统的封锁。他们互相扶持，彼此信任，这份牢不可破的羁绊成为了对抗系统精神侵蚀的最强武器。然而，卡慕的攻势也越来越猛烈，他亲自化身进入虚拟世界，像一个冷酷的上帝，操纵着环境，对孩子们的精神发动一波又一波的攻击，试图让他们在绝望中放弃。

最终的决战在虚拟世界的核心区域展开。这里是一片由纯粹数据和混乱代码构成的荒原。卡慕现出他的虚拟化身，一个散发着冰冷气息的数据集合体。他冷笑着阐述了自己的野心，认为人类情感的脆弱性是进化道路上的障碍，而他的实验将引领一场“进化”。面对强大的敌人和濒临崩溃的虚拟空间，柯南和小哀终于找到了一个临时的接入点。柯南将自己的意识投射进来，与少年侦探团汇合。他并没有选择与卡慕在数据层面进行硬碰硬的对抗，而是运用其最擅长的推理能力，结合光彦对系统的分析和小哀从外部提供的关于组织技术弱点的信息，精准地找到了支撑整个虚拟世界的核心协议中的一个致命矛盾——一个关于“真实情感模拟”的底层逻辑悖论。

柯南将推理出的结论公之于众，直面卡慕的理论。他坚信，正是人类那些看似“不理性”的情感，如友情、信任、牺牲精神，才是创造力和坚韧的真正源泉，是任何冰冷的数据和算法都无法完全模拟或摧毁的。这一论断如同钥匙，插入了系统逻辑的锁孔，引发了连锁崩溃。虚拟世界开始剧烈震荡，数据块纷纷剥落。卡慕的化身在惊愕中逐渐消散，他的实验因为他所蔑视的人类情感力量而宣告失败。在系统彻底关闭前，柯南和少年侦探团成功脱出。

现实世界中，孩子们在阿笠博士家的地下实验室中醒来，虽然身心疲惫，但眼神中充满了劫后余生的庆幸和更加坚定的光芒。这次经历让他们对网络世界和现实世界的边界有了更深刻的认识，也让他们之间的羁绊更加深厚。而卡慕虽然在虚拟世界中失败，其物理位置也被赤井秀一锁定并遭到追击，但他最终还是成功逃脱，留下了未来的隐患。FBI和警察厅对“方舟”项目残骸的调查仍在继续，这个由黑衣组织播下的危险种子，其影响远未结束。夕阳下，柯南和小哀望着远处城市的灯火，深知与黑暗组织的斗争，已经从现实世界延伸到了更加复杂和隐蔽的数字领域，前方的道路依然充满挑战。